Como todo o litoral paranaense, Pontal do Paraná era previamente habitada por comunidades indígenas, sendo que só em 1951 a área da cidade foi doada pelo Governo do Estado para o município de Paranaguá.
A partir de 1980, três grandes empresas foram instaladas e atraíram mais de 3.000 operários para a área, que permaneceram na região. Na mesma época, foi criado o Centro de Biologia Marinha (CBM) e o Centro de Estudos do Mar da Universidade Federal do Paraná (CEM-UFPR). A partir de 1987, a população começou a reivindicar emancipação da região para a formação de um novo município. Finalmente, os moradores foram atendidos e, através da Lei nº 11.252 de 20 de dezembro de 1995, a região foi oficialmente desmembrada e se tornou uma cidade independente, a atual Pontal do Paraná.
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